Selskabet blev oprindelig stiftet for over 30 år siden af Bo Nielsen. I 2006 blev en del af selskabet solgt til en gruppe apotekere som ønskede, at have større indflydelse på deres IT system. Dette resulterede i selskabet Cito IT A/S, som siden har udviklet sig positivt og i dag servicerer ca. en tredjedel af alle danske apoteker.
I 2015 blev apotekersektoren moderniseret. Dette medførte dels åbning af mange nye afdelinger og dels en øget konkurrence i sektoren. Cito’s ejere var enige om, at en ændret ejerstruktur og et forestående generationsskifte, kunne løses i samme ombæring.
Den 31. maj 2018 blev Cito IT A/S solgt til svenske ”Vitec Software Group” og er nu en del af en stor børsnoteret koncern, som omfatter en række branchespecifikke selskaber i hele norden. Cito er nu et forretningsområde i Vitec gruppen ”Uddannelse og helse”.